马铃薯在连作的情况下，有的病菌会在土壤中潜存量愈来愈多，导致马铃薯发病愈来愈重，甚至造成毁灭性灾害。特别是癌肿病的病菌孢子、疮痂病等孢子通过根系传染给健株。轮作可减少病害，利用抗病品种结合轮作对防止癌肿病、线虫病尤为必要。

研究发现，连作8年的马铃薯地块，疮痂病发病率为96%，而中间接种一茬萝卜，再种马铃薯的，疮痂病的发生则显著下降，只有28%。青枯病和黑胫病的病菌，在土壤里都能存活，土壤是它的传播途径之一，连作田发病显著高于换茬的地块。另外，连作的马铃薯，由于营养吸收单一，可使土壤中钾肥含量很快下降，影响土壤肥力和下一茬产量，对种地养地、培肥地力大为不利。