1、农业防治
种植抗耐病品种；与矮杆作物间作。
轮作：与禾本科作物实行3～5年轮作。深翻：将地面菌核翻入深土中使其不能萌发。
适期晚播：根据不同品种适当延迟播期（ 10-15天左右）。适宜降低种植密度。控施氮肥。
加强田间管理：将病株和落地的病花盘、籽粒等病残体清除出田间深埋或烧掉，以减少菌源。
2、药剂防治
种子处理：咯菌腈种衣剂包衣，菌核净、腐霉利拌种。
田间喷雾：防治菌核病盘腐的有效药剂有甲托、咪鲜胺混剂、菌核净和咪鲜胺。盘腐防治以初花期用药效果好；发生严重时可初花期、盛花期二次用药。 向日葵菌核病在各生育期均发生的一些地区，可采取种子处理+成株期喷药的防治措施；也可选用对向日葵菌核病防效较高的无公害药剂如低聚糖素、氨基寡糖素及有效的生物制剂如盾壳霉等进行防治。
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